أنشئت الإدارة العامة للتخطيط والميزانية عام 1392هـ لتتولى مسئولياتها كإدارة عامة تنفيذية ترتبط تنظيمياً بوكيل الجامعة وتسعى للقيام بواجباتها المنوطة بها على أكمل وجه لتحقيق أهداف الجامعة وخططها المستقبلية 

ومن المهام الأساسية للإدارة: 

1 - وضع خطة لإعداد مشروع ميزانية الجامعة.

2 - تجميع مقترحات الجهات لمشروع الميزانية.

3 - إعداد تقديرات بنود الميزانية.

4 - إجراء التصديق على مشروع الميزانية.

5 - إعداد التعديلات على مشروع الميزانية وفقاً لرأي الإدارة العليا.

6 - مناقشة المشروع لدى وزارة المالية.

7 - تلقي ميزانية الجامعة وتلخيصها وعرضها للإدارة العليا ومن ثم إبلاغ التعليمات والبيانات الواردة من وزارة المالية حول تنفيذ الميزانية لجهات الجامعة المختلفة.

8 - إعداد الدراسات لمتابعة العقود والمشاريع.

9 - متابعة تنفيذ الميزانية.

10 - متابعة إجراء المناقلات المالية بين البنود لتسديد المستحقات وتدبير الفروقات .

11 - إعداد الدراسات الخاصة بالبيانات المالية.

12 - تجميع البيانات وإعداد الإحصائيات المتعلقة بالميزانية.

13- متابعة ومراجعة الارتباطات المالية والاستفادة منها .

14 - دراسة تدبير تكاليف المشاريع والعقود ذات العجز.

15 - دراسة دعم وتعزيز البنود ذات العجز.

16- إعداد تقرير إيرادات الجامعة ورفعه لوزارة المالية.